A történet a nem is olyan távoli jövőben játszódik Japánban. Az emberiség és a technológia összeolvadt, a kiborgokat és az embereket nem lehet megkülönböztetni egymástól. Ezzel együtt a bűncselekmények is megváltoztak, a kiberbűnözés az egekbe szökik. A terrorizmus is új szintre lép, amikor a támadók képesek betörni az emberek elméjébe és irányítani őket. A különleges bűnözőkkel különleges egység veszi fel a harcot, amelyet Motoko Kusanagi vezet, egy kiborg, maga a tökéletes katona.