Mikor egy titkos, az eredeti Csillagkapu készítői által elhagyott bázisra bukkannak az Antarktisz jegében, megalakul a Csillagkapu _ Atlantisz csapata. A felfedezés a Pegazus galaxisig viszi a hősöket, ahol egy primitív civilizáció és egy, az egész emberiség létezését fenyegető ellenség sodródik az útjukba.