4. évad 20. rész
Sheppard egy újabb eredménytelen keresés után Teylára tér vissza Atlantiszra, de azt elhagyatottnak találja. Ráadásul a város nemcsak abnormálisan forró, hanem az egész óceán is teljesen kiszáradt, homokos sivataggá válva! Sheppard ezután egy idős Dr. McKay hologramját találja meg, aki elmondja neki, hogy egy napkitörés 48 ezer évvel a jövőbe küldte. Miután megtanulja Atlantisz és mindenki sorsát, és ráadásul, hogy a naprendszer napja haldoklik, és nem fog sokáig életben maradni ott, neki és a holografikus McKay-nek meg kell találniuk a módját, hogy Sheppard hazatérhessen és megváltoztathassák mindezt.
Egy nemzetközi tudósokból és katonai személyzetből álló csapat felfedezi a Csillagkapu hálózatot a Pegasus galaxisban, ahol szembe találják magukat egy új, hatalmas ellenséggel, a Wraithekkel.