A Monarc kriptozoológiai ügynökség olyan lények kutatásával foglalkozik, amelyek legendák vagy szóbeszéd útján kerültek a köztudatba, de nincs bizonyíték a létezésükre. Ezúttal istenszerű szörnyetegekkel találkoznak, amelyek nemcsak hatalmasok és csodálatosak, de kegyetlenek és legyőzhetetlenek is. Amikor az ősi szuperfajok képviselői, Mothra, Rodan és a háromfejű Ghidorah új életre kelnek, az emberiség léte forog kockán. A szörnyetegekkel csak egy másik szörny, Godzilla veheti fel a harcot.